دانش امام باقر عليه السلام نيز همانند ديگر امامان از سر چشمهى وحى بود،آنان آموزگارى نداشتند و در مكتب بشرى درس نخوانده بودند،«جابر بن عبد الله»نزد امام باقر (ع) مىآمد و از آنحضرت دانش فرا مىگرفت و به آن گرامى مكرر عرض مىكرد:اى شكافندهى علوم! گواهى مىدهم تو در كودكى از دانشى خدا داد برخوردارى (4) .
«عبد الله بن عطاء مكى»مىگفت:هرگز دانشمندان را نزد كسى چنان حقير و كوچك نيافتم كه نزد امام باقر عليه السلام،«حكم بن عتيبه»كه در چشم مردمان جايگاه علمى والايى داشت در پيشگاه امام باقر چونان كودكى در برابر آموزگار بود (5) .
شخصيت آسمانى و شكوه علمى امام باقر (ع) چنان خيره كننده بود كه«جابر بن يزيد جعفى»به هنگام روايت از آن گرامى مىگفت:«وصى اوصياء و وارث علوم انبياء محمد بن على بن الحسين مرا چنين روايت كرد...» (6)
مردى از«عبد الله عمر»مسالهيى پرسيد و او در پاسخ درماند،به سئوال كننده امام باقر را نشان داد و گفت از اين كودك بپرس و مرا نيز از پاسخ او آگاه ساز.آن مرد از امام پرسيد و پاسخى قانع كننده شنيد و براى«عبد الله عمر»بازگو كرد،عبد الله گفت:اينان خاندانى هستند كه دانششان خداداد است (7) .
«ابو بصير»مىگويد:با امام باقر عليه السلام به مسجد مدينه وارد شديم،مردم در رفت و آمد بودند.امام به من فرمود:از مردم بپرس آيا مرا مىبينند؟از هر كه پرسيدم آيا ابو جعفر را ديدهاى پاسخ منفى شنيدم،در حاليكه امام در كنار من ايستاده بود.در اين هنگام يكى از دوستان حقيقى آن حضرت«ابو هارون»كه نابينا بود به مسجد در آمد.امام فرمود:از او نيز بپرس.
از ابو هارون پرسيدم:آيا ابو جعفر را ديدى؟
فورا پاسخ داد:مگر كنار تو نايستاده است؟
گفتم:از كجا دريافتى؟
گفت:چگونه ندانم در حاليكه او نور رخشندهيى است (8) .
و نيز«ابو بصير»مىگويد:امام باقر (ع) از يكى ازافريقائيان حال يكى از شيعيان خود به نام«راشد»را جويا شد.پاسخ داد خوب بود و سلام مىرساند.
امام فرمود خدا رحمتش كند.
با تعجب گفت:مگر او مرده است؟
فرمود:آرى.
گفت:چه وقت در گذشت؟
فرمود:دو روز پس از خارج شدن تو.
گفت:به خدا سوگند او بيمار نبود...
فرمود:مگر هر كس مىميرد به جهتبيمارى است؟
آنگاه ابو بصير از امام در مورد آن در گذشته سئوال كرد.
امام فرمود:او از دوستان و شيعيان ما بود،گمان مىكنيد كه چشمهاى بينا و گوشهاى شنوايى براى ما همراه شما نيست وه چه پندار نادرستى است!به خدا سوگند هيچ چيز از كردارتان بر ما پوشيده نيست پس ما را نزد خودتان حاضر بدانيد و خود را به كار نيك عادت دهيد و از اهل خير باشيد تا به همين نشانه و علامتشناخته شويد.من فرزندان و شيعيانم را به اين برنامه فرمان مىدهم (9) .
يكى از راويان مىگويد در كوفه به زنى قرآن مىآموختم،روزى با او شوخى كردم،بعد به ديدار امام باقر شتافتم،فرمود:
آنكه (حتى) در پنهان مرتكب گناه شود خداوند به او اعتنا و توجهى ندارد،به آن زن چه گفتى؟ از شرمسارى چهرهام را پوشاندم و توبه كردم،امام فرمود:تكرار نكن (10) .